इंडोनेशिया पेशेवर पैलियोन्थ्रोपोलॉजी की अनदेखी जन्मभूमि है। 19 वीं सदी के मध्य में यूरोप में, वैज्ञानिकों ने पहली बार विलुप्त हो रही एक प्रजाति होमिनिड प्रजाति की खोज की: निएंडरथल। वास्तव में, यह कहना अधिक सटीक है कि निएंडरथल जीवाश्म ऐसे लोगों द्वारा पाए गए, जिन्होंने फिर उन्हें जाने-माने शरीर रचनाकारों के ध्यान में लाया। यह 1890 तक नहीं था कि एक शोधकर्ता होमिनिड हड्डियों की तलाश में मैदान में चला गया। डच मेडिकल डॉक्टर यूजीन डुबोइस ने मानव पूर्वजों की तलाश में इंडोनेशिया की एक डच कॉलोनी की यात्रा की। 1891 में, उन्होंने होमो इरेक्टस जीवाश्मों की खोज की और होमिनिड को एक उचित प्रयास का शिकार बनाया- और एशिया को पैलियोन्थ्रोपोलॉजिस्ट के लिए एक गंतव्य बनाया।
त्रिनिल: डुबॉइज़ की खोज मध्य जावा में त्रिनिल गाँव के पास हुई। उनकी पहली खोज एक खोपड़ी थी, जिसे अब से 700, 000 से 1 मिलियन साल पहले जाना जाता था। खोपड़ी मानव की तरह दिखती थी, लेकिन इसमें मोटी हड्डियां, भारी भूरे रंग और कम, झुका हुआ माथा था। एक साल बाद, 1892 में, डुबोइस ने लगभग पूरी जांघ की हड्डी को बरामद किया जो लगभग आधुनिक दिखती थी। उन्होंने तय किया कि हड्डियां एक विलुप्त प्रजाति की हैं जो वानरों और मनुष्यों के बीच एक "गायब कड़ी" थी। उन्होंने इस प्रजाति का नाम पिटहेन्थ्रोपस इरेक्टस (" एरेप मैन") रखा। कभी जावा मैन कहा जाता है, आज प्रजाति को होमो इरेक्टस कहा जाता है।
Ngandong: डच शोधकर्ताओं ने अधिक H. erectus जीवाश्मों की खोज की, जावा के सोलो नदी पर स्थित Ngandong गाँव के पास 1930 में जावा में 15 व्यक्तियों का प्रतिनिधित्व करते हुए। कुछ समय पहले तक, पेलियोएन्थ्रोपोलॉजिस्ट ने सोचा था कि Ngandong की हड्डियां हाल ही में एच। इरेक्टस आबादी का प्रतिनिधित्व करती हैं। सोचा जा सकता है कि 30, 000 से 50, 000 साल पहले के रूप में युवा थे, ये होमिनिड्स यूरोप और पश्चिम एशिया में रहने वाले निएंडरथल और आधुनिक मनुष्यों के समकालीन हो सकते थे। लेकिन हालिया फील्डवर्क और डेटिंग विश्लेषणों से पता चलता है कि Ngandong hominids बहुत पहले रहते थे, कभी 143, 000 और 546, 000 साल पहले के बीच।
Mojokerto: 1936 में, डच जियोलॉजिकल सर्वे में काम करने वाले एक सहायक ने पूर्वी जावा में दो से तीन साल के बच्चे की आंशिक खोपड़ी का पता लगाया। टीम के सदस्य राल्फ वॉन कोनिग्वाल्ड, एक जर्मन जीवाश्म विज्ञानी, ने एक प्रारंभिक होमिनिड, एच। इरेक्टस से संबंधित खोपड़ी की पहचान की। यद्यपि हाल के वर्षों में जीवाश्म की सटीक स्थिति, और इसलिए उम्र, पर सवाल उठाया गया है, वैज्ञानिकों को आमतौर पर मोजोकरो खोपड़ी की तारीख लगभग 1.8 मिलियन साल पहले लगती है। यह इसे अफ्रीका के बाहर पाई जाने वाली सबसे पुरानी होमिनिड हड्डियों में से एक बनाता है।
संगीरन: 1937 से 1941 के बीच, वॉन कोइनिग्वाल्ड को मध्य जावा में संगीरन की जगह पर अतिरिक्त एच। इरेक्टस जीवाश्म मिले। इस खोज में तीन आंशिक खोपड़ी, आंशिक जबड़े और दर्जनों पृथक दांत शामिल थे। दस लाख साल से भी अधिक पुराने इन जीवाश्मों ने एच। इरेक्टस की प्रजातियों की स्थिति की वैधता की पुष्टि करने में मदद की। आज, पर्यटक जीवाश्म स्थल पर जा सकते हैं, जो चल रही खुदाई के साथ-साथ एक संग्रहालय भी है।
Flores: इंडोनेशिया की सबसे हालिया खोज एक बड़ा सदमा देने वाला था। 2004 में, इंडोनेशिया और ऑस्ट्रेलिया के शोधकर्ताओं के एक समूह ने घोषणा की कि उन्हें इंडोनेशियाई द्वीप फ्लोर्स पर जीवाश्मों का एक असामान्य संग्रह मिला है। यह हड्डियाँ एक छोटे दिमाग वाली होमिनिड की थीं, जो चार फीट से भी कम ऊँचाई की थी और जिनका वजन 70 पाउंड से कम था - फिर भी कुछ जीवाश्म सिर्फ 17, 000 साल पुराने थे। शोधकर्ताओं ने "हॉबिट" का फैसला एक नई प्रजाति, होमो फ्लोरेसेंसिस से किया । एक बार प्रजाति के पूर्वज, शायद एच। इरेक्टस, द्वीप पर पहुंचे, होमिनिड एक छोटे से द्वीप पर रहने के लिए अनुकूलन के रूप में छोटा हो गया। हालांकि, आलोचकों का कहना है कि हॉबिट वास्तव में एक आधुनिक मानव है जिसमें कुछ प्रकार के विकास विकार हैं।
