जबकि एचएमएस बीगल पेटागोनिया में सेंट जूलियन के बंदरगाह पर रुका, चार्ल्स डार्विन ने कुछ हड्डी के टुकड़े एकत्र किए जिन्हें उन्होंने "कुछ बड़े जानवर, मैं फैंसी एक मस्तोडन" से संबंधित के रूप में पहचाना। लेकिन जब पैर की हड्डी और रीढ़ की हड्डी इंग्लैंड में वापस आ गई, तो बाद के अध्ययन में पता चला कि जानवर पूरी तरह से एक अलग प्राणी था, एक जो एक लंबी गर्दन और एक लटकन, टेपिर जैसी नाक के साथ एक विशाल ऊंट या एक लामा जैसा दिखता था। एनाटोमिस्ट रिचर्ड ओवेन ने इसका नाम मैकराचेनिया पेटाचोनिका रखा ।
अपनी यात्रा के दौरान, डार्विन ने टोक्सोडोन प्लैटेंसिस की भी खोज की, जिसमें एक भारी गैंडे का शरीर, एक हिप्पो का चेहरा और एक कृंतक के दांत थे। प्लेइस्टोसिन के ये अजीब जानवर आकर्षक थे, लेकिन हाल तक, कोई भी यह पता नहीं लगा सका कि उन्हें स्तनधारी परिवार के पेड़ में कहां रखा जाए, जोचर के लिए जो मार्कहंट की रिपोर्ट है। वे अनघटित थे - खुर वाले जानवरों के बड़े समूह का हिस्सा जिसमें घोड़े, सूअर, हिरण और हिप्पोस शामिल हैं। लेकिन क्या वे अफ्रीकी हाथियों और आर्डवार्क्स या दक्षिण अमेरिकी आर्मडिल्स और स्लॉथ्स की तरह अधिक थे? डीएनए का उपयोग करके पशु परिवार के पेड़ों के निर्माण के और भी हालिया तरीके मदद नहीं कर सके: हड्डियों का विश्लेषण करने के लिए पर्याप्त डीएनए नहीं था।
लेकिन, एक शोध दल ने महसूस किया कि हड्डियों में संरचित प्रोटीन-कोलेजन के बंडल होते हैं, जो त्वचा, टेंडन और मांसपेशियों के ऊतकों को एक साथ पकड़े हुए पाया जाता है। इन प्राचीन ungulates की हड्डियों से स्क्रैप किए गए कोलेजन का एक विस्तृत विश्लेषण ने उत्तर प्रदान किया। मर्चेंट लिखते हैं:
टीम ने सबसे पहले एक कोलेजन परिवार के पेड़ का निर्माण किया, जिसने अपने पारिवारिक संबंधों के आधार पर विभिन्न स्तनधारियों के कोलेजन अनुक्रमों को तैयार किया। शोधकर्ताओं को अपनी तस्वीर बनाने के लिए टेपर्स, हिप्पोस और एर्डवार्क्स से कोलेजन निकालने और अनुक्रम करना पड़ा। इसके साथ ही, उन्होंने अर्जेंटीना में दो अलग-अलग संग्रहालयों से चार ungulate नमूनों से कोलेजन का अनुक्रम किया - दो Toxodon नमूने लगभग 12, 000 साल पुराने और दो Macrauchenia कि कार्बन-डेटेड नहीं हो सकते थे - और उनके पेड़ के खिलाफ प्राचीन प्रोटीन की तुलना की।
दोनों विशाल जानवर घोड़े, टैपर्स और गैंडे के समान समूह के हैं, जिन्हें पेरिसोडैक्टाइल कहा जाता है। लामा-जैसे मैक्रूचेनिया और राइनो-जैसे टॉक्सोडन के पास अब एक वर्गीकरण घर है। शोधकर्ताओं ने नेचर में अपने निष्कर्ष प्रकाशित किए।
प्राचीन प्रोटीनों के विश्लेषण से टीम की सक्सेस एकमात्र सक्षम नहीं हो सकती है। पुराने नमूनों से प्रोटीन के बिट्स खींचने और उन्हें मापने के लिए आज के उपकरण पहले से बेहतर हैं। मर्चेंट लिखते हैं:
प्रोटीन विलुप्त प्रजातियों के अध्ययन के लिए भी उपयोगी हो सकता है जो हाल ही में अधिक गर्म वातावरण में रहते थे जहाँ डीएनए अध्ययन मुश्किल है: यॉर्क विश्वविद्यालय, यूके के [बायोएरोलॉजिस्ट मैथ्यू कोलिन्स] ने देर से पिस्टिस्टोसिन के दौरान "अजीब और अद्भुत" जानवरों के रूप में वर्णन किया है। बौना हाथियों और ऑस्ट्रेलिया के विशाल छिपकलियों और कंगारुओं के लिए इंडोनेशियाई द्वीप फ्लोर्स के विशाल कृंतक।
हाल ही में विलुप्त हुए जानवरों की वंशावली का पता लगाने के लिए, कोलिन्स कहते हैं कि प्राचीन प्रोटीन विश्लेषण "वास्तव में नाव को हिला सकता है।"
